Sejarah Program Studi Perbandingan Mazhab tidak bisa terlepas dari sejarah Fakultas Syariah maupun UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi.
Fakultas Syariah didirikan pada tanggal 29 September 1960 di bawah naungan Perguruan Tinggi Agama Islam (PTAI) Al-Hikmah yang dikelola oleh Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Jambi. Fakultas Syariah PTAI Al-Hikmah menjadi Perguruan Tinggi Islam pertama di provinsi Jambi yang didirikan sebagai respon terhadap aspirasi ulama dan masyarakat Jambi dalam Kongres Ulama Jambi pada tahun 1957. Tiga tahun pertama Fakultas Syariah PTAI Al-Hikmah telah menunjukkan kemanunggalan antara pimpinan dengan masyarakat dan pemerintah daerah serta pemerintah pusat. Pada tanggal 23 Mei 1963, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 50 tahun 1963, Fakultas Syariah kemudian dikonversi menjadi lembaga Pendidikan Tinggi Negeri (PTN) yang berafiliasi dengan Fakultas Syariah Institut Agama Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta dan pada tahun yang sama diafiliasikan ulang ke Institut Agama Islam Negeri Raden Patah Palembang. Selanjutnya melalui jalan yang panjang akhirnya tanggal 27 Juli 1967 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 84 tahun 1967, didirikan Institut Agama Islam Negeri Sulthan Thaha Saifuddin (IAIN STS) Jambi. Pada awal berdirinya Fakultas Syariah hanya membuka jurusan qadha’, selanjutnya dipecah menjadi dua jurusan, yaitu: Peradilan Agama dan Perdata Pidana Islam.
Program Studi Perbandingan Mazhab Fakultas Syari’ah UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi mulai beroperasi pada tahun 1995/1996 melalui izin operasional SK Rektor IAIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi No. IN/9/R/SK/79-a/1995 tanggal 16 Juni 1995 dan SK Perpanjangan Izin SK Dirjen Diktis No. Dj.I/385/2008 tanggal 27 Oktober 2008. Terakhir, berdasarkan Peraturan Dirjen Pendidikan Islam Nomor: 1429 Tahun 2012 berubah nama menjadi Program Studi Perbandingan Mazhab. Pada perkembangan selanjutnya IAIN STS Jambi berhasil bertransformasi menjadi UIN dengan dikeluarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 37 tahun 2017 tanggal 7 April 2017. Transformasi ini juga memberikan implikasi positif bagi Program Studi Perbandingan Mazhab yang saat itu telah terakreditasi A berdasarkan SK Ban-PT No. 462/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2014. Prodi perbandingan Mazhab kemudian berhasil menunjukkan kapasitasnya sebagai Program Studi yang diperhitungkan dengan diraihnya akreditasi Unggul pada tahun 2024 berdasarkan SK Ban-PT No. 4264/SK/BAN-PT/Ak.KP/S/V/2024 di bawah kepemimpinan Tasnim Rahman Fitra sebagai Ketua Prodi dan Arman Abdul Rochman sebagai Sekretaris Program Studi.